Actualité scientifique selon Jacques. Version restreinte. Avril 2016
Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:
Sirohi, D., et al., The 3.8Å resolution cryo-EM structure of Zika virus. . Science, 2016. 352(6284): p. 467 – 70. Signe des temps, cette étude provient d’un des centres traditionnels de la diffraction des RX.
Dans le même ordre d’idée:
Collaborative Supplements for Cryo-Electron Microscopy Technology Transfer (Admin Supp) L’institut national de la santé US (NIH) ouvre une fond spécial destiné à financer l’apprentissage de la cryo-ME aux spécialistes de la DRX (diffraction des rayons X) et de la NMR (résonnance magnétique nucléaire). Les subsides s’adressent à des laboratoires (pas à des personnes) et suggèrent que la transition devrait prendre 2 ans.
http://grants.nih.gov/grants/guide/pa-files/PA-16-134.html.
Il s’agit en quelque sorte de faire savoir aux laboratoires de la biologie structurale moléculaire qui utilisent les grandes méthodes traditionnelles qu’il est maintenant temps de se recycler en cryo-ME.
Herguedas, B., …, and I.H. Greger, Structure and organization of
heteromeric AMPA-type glutamate receptors. . Science, 2016. 352(6285): p. 549. Une situation qui deviendra de plus en plus fréquente: la diffraction des RX résout le noyau compact et la cryo-ME montre le complexe plus grand et plus mobile dans l’action.
04. 04. 2016. Science 352, 6281.
– 12. ARCHÉOLOGIE, ANTHROPOLOGIE. (on line in Nature). En 2003 fut découvert dans une caverne d’Indonésie, les abondants fossiles d’une espèce de mini-Homo, Homo floresiensis, vite appelé « hobbit ». Cette trouvaille fut datée à 18’000 ans, ce qui était surprenant, car le hobbit aurait ainsi cohabité longtemps avec notre espèce. L’article cité ici, à paraitre dans Nature, corrige la date: ce n’est pas 20’000, mais 100’000 – 60’000 ans. Voilà qui lève un anomalie.
– 34 – 35; 76 – 80. CLIMAT, GLACIER ANTARCTIQUE. J.-Cl. K. Comment s’est formée la calotte glaciaire antarctique? Il y a 34 millions d’années, il y avait peu de glace en Antarctique. La mer était 120m (?) plus haut. qu’actuellement. Deux-millions d’années plus tard, le gros était fait alors que la concentration en CO2 passait de 750 ppm à 600 ppm et que s’établissait probablement un courant froid circum-Antarctique. Le jeu de ces deux paramètres donne des idées sur la probable relative instabilité de la calotte actuelle.
– 42, 87 – 90. NEUROBIOLOGIE, COMPORTEMENT. Florence et Clément. Chou et al. Neurologie de la résolution de conflits sociaux chez le Zebrafish (une forme d’épinoche). Deux groupes de neurones déterminent qui, des deux combattants, gagnera ou perdra.
- 04. 2016. Nature 532 352, 7597.
– ARCHÉOLOGIE, ANTHROPOLOGIE. Rapport de Sci. Rep 6, 23559. La
fameuse caverne de Denisovan en Sibérie n’a pas seulement livré le petit os de phalange dont on a pu faire la séquence à peu près complète, apprenant ainsi une masse d’information sur cette nouvelle espèce du genre Homo récent, elle contient encore beaucoup d’autres os.
Une équipe anglaise a analysé l’ADN mitochondrial (plus facile à analyser parce que court et en nombreux exemplaires dans chaque cellule) de 2315 autres fossiles de la même caverne. Tous appartiennent à l’espèce Denisovan sauf un qui est néandertalien!
Deux remarques: (i) Cohabitaient-ils non seulement spatialement, mais aussi temporellement? (ii) L’analyse des anciens ADN est vraiment une méthode incroyable.
– 39. ANTHROPOLOGIE, HISTOIRE. Florence et Clément. Watts et al. 10.1038/nature17159. Les sociétés primitives étaient violentes. Comment expliquer la fréquence des sacrifices humains. L’analyse des auteurs soutient l’hypothèse que cette façon « stabilise la stratification sociale et promeut un système de classe strictement héréditaire. »
– 49 – 57. TERRE VÉGÉTALE ET CLIMAT. Timon. Paustina et al. La séquestration ou la libération de C dans la couche végétale peut avoir un effet majeur sur le CO2 atmosphérique et le climat. Quelques chiffres. L’agriculture compte pour 25% de la production anthropogénique des GES dont 10 – 14% directement, le reste par variation de la couverture végétale. La couche végétale jusqu’à 1m (2m) correspond à 1’500 Pg C (2’400), ce qui est trois fois la quantité de C dans l’atmosphère (840Pg) et 240 fois l’émission annuelle de la combustion des combustibles fossiles. Ainsi, une augmentation de quelques % du C de la terre végétale pourrait représenter une contribution substantielle au bilan du CO2 atmosphérique. L’article continue par l’analyse de la terre végétale en fonction du type d’agriculture et comment agir sur ces facteurs.
– 42 – 43, 99 – 102. GÉOGRAPHIE, HISTOIRE, CLIMAT, NIVEAU DE LA MER. Weigelt et al. Niveau de la mer et climat ces 150’000 dernières années. La dernière grande glaciation a eu lieu entre 130’000 et 12’000 ans. Pendant ce temps, beaucoup d’eau des mers était immobilisée dans les glaciers continentaux. La figure montre comment le niveau de la mer en a été influencé.
08.04.2016. Science 352, 6282.
– 131 – 2, 220 – 224. PSYCHOLOGIE, SOCIOLOGIE, COMMUNICATION. Les psychologues et ceux qui font de la politique. Peut-être un article important. Boockman and Kalla. Oui, on peut convaincre les gens à changer d’idée. Une drôle d’histoire en plusieurs actes. (i) Un groupe d’action qui défend les minorités sexuelles (LGBT) prétend savoir comment, en un court interview, changer durablement les biais négatifs dans ce domaine. (ii) Pour valoriser leur résultat, ils demandent à des spécialistes universitaires de renom de les tester indépendamment. Il s’en suit un article fracassant de M. Lacour dans Science montrant qu’ils avaient tout à fait raison, à la grande surprise de la doxa sociologique qui prétend que, faire changer les idées préconçues est extrêmement difficile. (iii) D. Broockman, une autre personne suivant cette recherche constate que les données de LaCour sont inconsistantes et vraisemblablement toutes inventées. Dénonciation, retrait de l’article. (iv) Boockman et Kalla reprennent eux-mêmes la recherche, cette fois de manière à ce que l’on ne puisse pas les accuser de falsification. Panique, les résultats initiaux étaient quand même justes!
Deux conclusions.
1) Il arrive souvent que le tricheur prétende démontrer un résultat correct. La bonne science comme la tricherie sont dans la procédure, en non dans le résultat. Voir semblablement le cas d’Olivier Voinnet à Zürich.
2) La méthode d’interview développée par LGBT consiste à rechercher avec l’interviewé une situation dans laquelle il s’est lui-même senti coincé et défavorisé. À partir de là, revenir au biais que l’on veut corriger. À approfondir et cultiver, pour moi en particulier, toujours prêt à expliquer, expliquer et encore expliquer.
– 151 – 2. CLIMAT, CHANGEMENT CLIMATIQUE. R.B: Alley. Pour ceux qui sont sensibles aux problèmes de l’environnement. Le changement climatique qui a eu lieu il y a 55.9 millions d’années (c’est après l’affaire du météore et la fin des dinosaures) ressemble à celui auquel il faut s’attendre maintenant. Le Paleocene-Eocene Thermal Maximum (PETM) a probablement été causé par la libération de roches riches en C (aujourd’hui on en sortirait le pétrole) avec l’ouverture de l’Atlantique Nord. La quantité de CO2 ainsi libérée correspond environ ce que l’on va sortir des réserves exploitables actuelles. Différence majeure, le phénomène actuel est au moins 10 x plus rapides. L’étude des fossiles avant, pendant et après cet épisode permet d’évaluer son effet biologique. Cette étude est une source d’information considérable comme l’est d’ailleurs l’effet reporté. L’article conclus que « le PETM transforma les conditions de vie sur terre et mer pendant plus de 100’000 ans d’une manière qu’aujourd’hui, on considèrerait comme catastrophique. »
14.04.2016 Nature 532, 7598
– 172 – 3. BREVET, RECHERCHE, CRISPR/CAS9. Pourriture. En mai 2012 Jennifer Doudna et Emmanuelle Charpentier de Berkeley font une demande de brevet pour CRISPR/Cas9 dont elles viennent d’entrevoir les possibilités. Sept mois plus tard, Feng Zhang du Broad Institute fait une demande pour pratiquement la même chose. Peu après, les avocats de Zhang font traiter la chose en urgence obtient le brevet en avril, suivi d’une dizaine d’autres dans l’année qui suit. Pendant ce temps la demande Doudna et Charpentier traine. Il est pourtant clair que ce sont les deux dames qui ont fait la découverte. Il faut attendre avril 2015 pour que le système commence à se poser des questions. Actuellement, c’est la guerre, le cheni et la preuve – une de plus – que le système des brevets ne fonctionne pas correctement.
– 184 – 5, 210 – 3. MÉCANIQUE QUANTIQUE, COGNITION, JEUX. Sorensen et al. Résoudre les problèmes de la mécanique quantique par le jeu. Les fonctions d’onde et les ordinateurs quantiques, qui trainent durant tout le calcul l’ensemble des solutions avant que l’une d’entre elles ne se cristallise dans le résultat final, heurtent l’intuition. Ici les auteurs réalisent un jeu d’ordinateur avec les propriétés totalement bizarres simulant la recherche des solutions d’un difficile problème de mécanique quantique. En pratique, il s’agit de trouver le moyen le plus rapide pour déplacer un liquide à hydrodynamique farfelue dans un paysage de trous. Le résultat est que les joueurs humains s’adaptent rapidement à cette étrange physique et, utilisant la formidable puissance d’exploration intuitive du fonctionnement cérébral, font mieux que l’ordinateur. Le déchiffrage des captchas est, parait-il, exploité pour lire des textes difficiles. Un jeu vidéo aide à résoudre sur le net le problème du repliement des protéines. Quand va-t-on mettre au travail la horde d’addictes aux jeux vidéos pour faire progresser la chimie quantique?
– 228 – 231. MORALE, ETHNOLOGIE. Les sacrifices humains facilitent et préservent la stratification de la société. L’évolution de 93 sociétés austronésiennes est étudiée en fonction de leur structure sociale (entre égalitaire et stratifiée) et leurs rituels de sacrifices humains. La conclusion est donnée dans le titre ci-dessus et, sachant la prévalence de cette pratique dans tant de sociétés partout dans le monde, les auteurs suggèrent qu’elle a joué un rôle important dans le passage des groupes familiaux de chasseurs cueilleurs aux grandes sociétés hiérarchiques et aux empires. On ne perd pas de vue que les sacrifices humains ont certainement une fondation surnaturelle ou religieuse.
15.04.2016. Science 352, 6283
-280 – 81. ARCHÉOLOGIE, ANTHROPOLOGIE. Lawler. Les Vikings esclavagistes. Récente découverte de deux bateaux vikings en Estonie en 2008 et 12 permet d’en apprendre beaucoup sur la période Vendel de 550 à 790 EC (EC = ère commune pour ne pas dire ère chrétienne; par opposition à AEC). Dans certains cas 25% de la population était importée du Sud. Et la moitié des mâles vikings de Norvège qui peuplèrent l’Islande sont venu avec des femmes d’Angleterre. Rasia au passage?
– 308, 363 – 5. BIOLOGIE STRUCTURALE, CRYO-ME. Lin et al. (caltech) DOI: 10l126/Science.aaf1015, Kosinski et al- (EMBL) Architecture du noyau symétrique du pore nucléaire (NPC). Le NPC contient plus de 1000 protéines pour une masse de quelque 120MDa. Ici les auteurs obtiennent une carte presque-atomique en combinant (i) les données de la DX sur les protéines individuelles et des complexes d’assemblages (ii) les données sur l’évolution du complexe qui indiquent qui est avec qui, (iii) la spectrométrie de masse de complexes partiels cross-linked et (iv) cryotomographie électronique. Le résultat est présenté comme exemplaire des nouvelles possibilités de la biologie moléculaire des megas-assemblages.
21.04.16. Nature 532, 7599.
– 281, 300 – 302. NEUROBIOLOGIE, EXPERIMENTATION ANIMALE, POLITIQUE DE LA SCIENCE. Le royaume des singes. On connait l’Humain Brain Project et sa mise en route difficile. Les Américains ne voient pas moins grand. Tout le monde veut se placer sur ce gâteau prometteur. Les chinois aussi, mais eux, choisissent un créneau intéressant: l’expérimentation avec les singes. Ni les Américains ni les Européens ne viendront les y déranger, car dans les pays « civilisés », la recherche avec les singes, est devenue pratiquement impossible; les quelques laboratoires qui continuent ce genre de recherche sont soumis à des pressions politiques considérables; plusieurs sont en train de fermer. Ainsi « La Chine deviendra le lieu où seront validées toutes les stratégies thérapeutiques ».
– 282, 291. EUROPE, POLITIQUE DE LA SCIENCE. Gilles. EIT: European Institute of Inovation and Technology, un avatar de Barosso, devait favoriser l’innovation dans des domaines qui font la différence en rapprochant recherche et bizness. Après 8 années de fonctionnement, un rapport d’évaluation a été rendu public le 14 avril. Conclusion: ça ne marche pas. Il faut changer ça (« Significant legislative and operational adjustments are required »). Helga Novotny commente: « une couche d’administration supplémentaire n’est pas ce qui fait marcher l’innovation ».
– 289 – 90, 293. CRISPR/Cas9, ÉDITION DES GÈNES, OGM. L’édition des gènes devient facile avec CRISPR/Cas9. À priori ceci ne devrait rien changer aux conditions selon lesquelles les organismes ainsi modifiés sont évalués et autorisés (ou non). Toutefois, il semble qu’aux USA, les organes de contrôle évoluent vers moins de sévérité et une réduction du domaine où la règlementation est imposée. Ainsi l’US FDA (food and drug administration) semble vouloir se considérer comme non concernée lorsque l’édition consiste à enlever quelque chose (par exemple une lettre de l’ADN, ce qui peut rendre un gène totalement non fonctionnel). Elle semble aussi être prête à se montrer moins exigeante puisque les manipulations deviennent mieux contrôlées. La tendance semble être similaire en Europe. Les Chinois eux, ont toujours été moins retenus. Ce n’est pas maintenant qu’ils vont se mettre au frein.
- 04. 2016. Science 352, 6284.
– 396. BUSINESS, INNOVATION. Gilles. News. J. Mervis. On dit que l’innovation est stimulée dans les universités US grâce au partage 2/3 – 1/3 des bénéfices entre l’université et le créateur d’une startup. En est-il toujours ainsi? La Norvège a remplacé en 2002 le système du « tout à l’inventeur » pour introduire un système similaire au système américain. Résultat: diminution de moitié des startups créées.
– 406 – 18. BIODIVERSITÉ, BIG DATA. Timon. Perspectives. Comment évaluer la biodiversité et les paramètres qui l’influencent? Les quelque 20 auteurs de cet article essaient de clarifier les critères auxquelles doivent répondre les données pour pouvoir être acceptables. Sur la base de 290 grandes études, ils concluent que 5% sont satisfaisantes.
– 426, 427 (résumé d’une synthèse), voir aussi FASEB J. 10.1096. ÉPIGÉNÉTIQUE TRANSGÉNÉRATIONNELLE. Laurée. L’exercice physique durant la grossesse favoriserait l’activité physique des descendants adultes.
– 427 (résumé d’une synthèse), voir aussi FASEB J. 10.1096. ÉPIGÉNÉTIQUE. La sollicitation de l’immunité innée (par exemple par une infection virale) renforce la réponse à une simulation semblable dans le futur (on ne parle pas ici de la génération suivante). Bref, ce n’est pas que l’immunité acquise qui apprend de l’expérience.
- 04. 2016. Nature 532, 7600.
– 422 – 423. POLITIQUE SCIENTIFIQUE, AI. Gilles. Deep-mind est une firme londonienne d’intelligence artificielle acquise en janvier 2014 par Google. Elle a depuis engagé à prix fort 144 scientifiques de haut niveau dont
65% viennent des grandes universités, d’abord l’UCL, puis Oxford, puis, etc. Est-ce qu’on aime? Moi pas du tout.
– 426. FLAGSHIPS EUROPÉENS. En 2013 furent lancés en fanfare les deux premiers projets Flagships européens, humain brain (au début chaotique) et graphène. Après 18 mois de négociation entre la Commission et un groupe de chercheurs, le 3e projet démarre, technologie quantique. Pour certains aspects, le domaine est au bord de la réalisation industrielle (réseau de communication à sécurité « absolue »). Pour d’autres, il faudra attendre encore un peu (le véritable ordinateur quantique qui rendra obsolètes les systèmes actuels de cryptage). En tous cas, les possibilités envisagées sont extraordinaires comme par exemple des caméras ou autres détecteurs minuscules ultrasensibles ou des modélisateurs d’états physiques plus réalistes, etc.
– 437. ÉNERGIE. La figure montre à quoi les USA utilisent l’énergie consommée. Total: 3.1013kWh
– 453 – 458. NEUROBIOLOGIE, LANGAGE. Les amis de ∏. Huth, A.G. et al. (Berkeley). La carte sémantique du langage naturel dans le cerveau. Le langage fait travailler spécifiquement une grande partie du cerveau que l’on appelle le « système sémantique ». Ici, les auteurs étudient 7 individus à qui on fait écouter des heures d’émission radio alors que leur cerveau est observé par résonnance magnétique fonctionnelle. L’activité fonctionnelle de chaque élément de volume du cerveau est ainsi associée (j’imagine que la résolution est centimétrique) aux données linguistiques liées au mot dans son contexte. Résultat: beaucoup de choses corrèlent. Par exemple, les mots « mois » et « semaine » corrèlent à 0.74 alors que « mois » et « grande taille » ne corrèlent pas, -022 (évidemment il faut étudier l’article pour comprendre ce qui est analysé et il faut se cramponner pour la statistique (ce que je n’ai pas fait). Et encore: les mots dans leur contexte s’associent à une localisation reproductible d’une personne à l’autre. Ce résultat est une grosse affaire qui soulève énormément de questions dont plusieurs sont discutées. Je n’en site qu’une: est-ce l’activité locale ou son gradient par rapport au voisinage qui est déterminant?
29.04. 2016. Science 352, 6285.
– 531 – 545. MÉDECINE, MICROBIOLOGIE. Dossier de 5 articles sur la faune intestinale. Elle fait partie de nous, elle est partiellement spécifique à l’individu par nature et par histoire de vie. La médecine est en train de prendre rapidement conscience de son importance et des possibilités thérapeutiques par son intermédiaire.
Voir aussi: ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE. Une représentation très visuelle de l’échauffement climatique depuis 1850.
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