Actualité scientifique selon Jacques. Version restreinte. Mai 2016
Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:
Nature, 12.5. Zhang, S., …, and D. Barford, Molecular mechanism of APC/C activation by mitotic phosphorylation. . Nature 2016. 533(7602): p. 260 – 4.
Taylor,.M.I., et al., Structure of the T4 baseplate and its function in triggering sheathh contraction. . Nature, 2016. 533(7603): p. 346 – 352. Un travail lausannois et bâlois
Plaschka, C., et al., Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening. Nature, 2016. 533(7603): p. 353 – 358.
He, Y., …, and E. Nogales, Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening. Nature, 2016. 533(7603): p. 359 – 65.
Voir aussi:
ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE. Une représentation très visuelle de l’échauffement climatique depuis 1850 par Ed. Hawkins.
https://uploads.guim.co.uk/2016/05/10/5_9_16_Andrea_TempSpiralEdHawkins.gif.
05.05. 2016. Nature 533, 7601.
– 15 – 16. Et aussi: Nature 12.5, pp 169 – 71. ÉTHIQUE, FÉCONDATION IN VITRO. Lazare. http://dx.doi.org/10.1038/nature17948(2016). Embryon humain en culture jusqu’au 13e jour. Pour permettre la fécondation in vitro, les embryons doivent être cultivés pendant quelques jours. Pas trop longtemps parce que, là derrière, il y a la crainte de la pente glissante qui mènerait à, par exemple, la grossesse in vitro. On n’y est pas. La loi suisse, une des plus sévères, autorise un maximum de 7 jours. La plupart des pays « sérieux » en autorisent 14. Et puis, cette chasse gardée est techniquement difficile. Comme le signale l’auteur, pour ce qui concerne le développement embryonnaire, on en sait plus chez le poisson et la souris que chez l’homme. Le record était de 9 jours. Il vient d’être porté à 13 jours. Des observations étonnantes en résultent. Par exemple un groupe de cellules qui forme une sorte de protoorgane dont on ne savait rien.
Pas de problème, tant que la loi éthique interdit ce que l’on ne sait pas faire. Combien de temps tiendra-t-elle maintenant qu’elle pourrait être transgressée? Pas longtemps je pense.
– 26 – 28. CENSURE, ANTISCIENCE. Stephen Harper était Premier ministre du Canada de 2006 à 2015. Il a développé une politique antiscience qui, en particulier, écrasait tous les scientifiques financés par l’État sous une chape de censure quasiment stalinienne. Justin Trudeau l’a remplacé l’an passé et a rapidement levé tout cet appareil coercitif. Maintenant que les personnes qui avaient subi ce « mauvais temps pour les journalistes et mauvais temps pour la science » retrouvent la parole, on se rend compte de l’ampleur de cette dérive inquiétant dans un État que l’on considérait généralement comme libéral et démocratique. Attention, la pensée antiscience a des sponsors puissants.
S5 – S47. RECHERCHE, COMMERCIALISATION. Gilles. Dossier: commercialisation de la recherche. Quelques données générales sur qui finance quoi et quelques articles sur l’État, l’université et les chercheurs. Je note celui sur la géographie de la collaboration. La collaboration lointaine corrèle fortement avec les meilleurs groupes. Et encore l’article de Helga Nowotny (EPFZ) qui parle de la demande croissante que la recherche « rende ».
– 39 – 40; 58 – 67. BT-TOXIN, AGRICULTURE, RESISTANCE. Les amis du bio. Comment dépasser les résistances. La toxine Bt du B. thuringiensis est beaucoup utilisée en transgène des plantes pour les rendre résistantes aux insectes ravageurs. La méthode est élégante en principe (pas besoin d’arroser la culture d’insecticides, la toxine est dans la tige de la plante et ne devient active que dans l’intestin de l’insecte ravageur). Malheureusement, les insectes développent des résistances. Ici les auteurs ont utilisé un système d’évolution accélérée in vitro pour modifier la toxine et faire qu’elle attaque l’
insecte sur un autre site,que ses propriétés rendent moins favorable à devenir résistant. Bref, pour lutter contre le développement naturel de résistances contre l’OGM, les auteurs proposent de faire évoluer artificiellement l’OGM vers plus de résistance à la résistance. À la longue, ça pourrait devenir compliqué.
06.05.16. Science 352, 6286.
– 644 – 7. BIOLOGIE, ETHOLOGIE, PERSONALITÉ. News. Laurence, Fabrice, Michel. E. Pennisi. Le pouvoir de la personnalité. Il y a 20 ans, parler de personnalité animale était considéré « bizarre, frivole et sentimental ». Tout a changé. On étudie en profondeur la personnalité des mésanges, des tritons, des araignées, etc. Définition: la personnalité est une différence persistance entre individus qui se conserve même quand les conditions changent. La réalité de la notion est maintenant solidement documentée – par exemple le triton qui prend des risques et celui qui les évite. Mais alors pourquoi la stratégie optimale n’a-t-elle pas éliminé l’autre? Réponse: La cohabitation des deux stratégies peut être avantageuse suivant les différentes évolutions du milieu (si la mare sèche tôt, grandir vite est urgent) ou suivant l’évènement sélecteur momentané. C’est toute la question de l’avantage de la diversité. Le problème a beaucoup de liens avec celui de la spéciation.
– 648. RADIOACTIVITÉ. Un film. Les Babushkas de Chernobyl. Une surface de 30km de rayon est la zone morte autour de Chernobyl. La nature y reprend petit à petit ses droits. Certains habitants y sont revenus et y vivent de leurs agriculture, chasse et pêche de survie. Ils sont une centaine, surtout des femmes. Ils n’ont pas de symptômes visibles de la radioactivité et leur espérance de vie est, semble-t-il, plus grande que celle de ceux qui ont été déplacés à un cout émotionnel énorme.
12.05.2016. Nature 533, 760
– 154 – 5, GÉNÉTIQUE HUMAINE, HAUTES FONCTIONS CÉRÉBRALES. Okbay et al. http://dx.doi.org/10.1038/NATURE17971;2016).
Voir Nature du 26 mai.
– S53 – S71. Dossier. POLITIQUE SCIENTIFIQUE. OPEN SOURCE. Gilles. L’innovation ouverte se propage, mais l’évolution va quand même dur. De nombreuses solutions sont envisagées et une dizaine d’aspects sont discutés ici. Certains articles valent la lecture.
- 05. 2016. Science 352, 6287
– 777. SCIENCE, COMMUNICATION. POLITIQUE. Marc A. Contrer la science racoleuse. Les progrès des connaissances sur les cellules souches ouvrent de belles possibilités médicales. En conséquence, chercheurs, journalistes et le public s’en donnent à coeur joie pour exagérer les mérites de thérapeutiques douteuses. La Société internationale pour la recherche sur les cellules souches vient de promulguer des directives précises et concrètes pour limiter ces abus. Elles attachent une grande importance à la rigueur de la communication, mais aussi à sa signification pour le public (comparer avec ce qui était précédemment possible). Voir: ISSCR, Skokie, 2016). Intéressant.
– 787 – 94. CONFLITS, AIDE. Arjun. Le processus de réconciliation après un conflit civil améliore le capital social, mais péjore le bienêtre individuel. Grosse étude empirique en Sierra Leone après la guerre civile qui a ravagé le pays. Le processus consistait à faire rencontrer publiquement en tête à tête la victime et l’agresseur; la première décrit ce qui lui est arrivé; le second confesse son crime. Deux-cents villages, 2300 individus. La conclusion est que la communauté bénéficie du processus; elle est comparativement pacifiée et la vie reprend de manière plus normale. Par contre les victimes sont replongées dans leur traumatisme et il devient plus difficile d’en sortir avec les perturbations individuelles qui en découlent. Ceci correspond à d’autres lectures sur le sujet, par exemple en 2001, à la suite de l’attaque des tours de Manhattan. Il est contreproductif de confronter les victimes à ce qui leur est arrivé. Bien plus utile est de leur témoigner de la bienveillance et de regarder ensemble le chemin de leur meilleur futur. La voie n’est pas celle de la psychanalyse mais celle de TCC.
– 314 – 316. INNOVATION. Gilles. Cela devient un thème à la mode. Ici, Martin Curley, un patron de Intel donne les recettes.
Ayant fait ma vie en essayant d’être innovant, je me sens assez mal à l’aise à devoir envisager que, peut-être, oui, des firmes comme Intel, Google, Uber ou 23andMe ont une capacité d’innovation et des buts qui me dépassent.
19.05. 2016. Nature 533, 7603.
– 293. SCIENCE, HISTOIRE. World view. G. Radick (prof d’histoire et de philosophie à Leeds.). Enseigner aux étudiants la biologie de leur temps. « Même la science la plus imaginative et la plus rigoureuse porte la marque des circonstances historiques de son élaboration. » Je pensais que quelques bases solides font le substrat de ce journal. L’une d’elles est qu’il faut s’efforcer de distinguer la réalité de la nature et notre façon de l’appréhender. Cet article est-il une marque de plus d’un glissement fâcheux?
– 331 – 2, 346 – 365. CRYO-EM. Trois gros articles qui se suivent. Le premier présentant une carte quasi atomique du dispositif d’injection de l’ADN du bactériophage T4. Une structure de 6MD, c’est à dire un gros million d’atomes, un record. Le travail vient de Lausanne et Bâle.
- 05. 2016. Science 352, 6288.
– 874. ECHAUFFEMENT CLIMATIQUE, CO2. 400 ppm et ce n’est pas fini. La concentration de CO2 est mesurée en trois points de référence, Alaska, Hawaii et Tasmanie. En 2013, Hawaii a passé le cap de 400ppm. La Tasmanie y est arrivée à mi-mai e cette année. Au rythme de la croissance actuelle, on atteindra dans 25 ans les 450 ppm qui, selon les modèles, provoquent les 2° d’échauffement que la conférence de Paris ne veut pas dépasser.
– 876 – 7. GÉNÉTIQUE HUMAINE, POPULATION. Évolution humaine en temps réel. Voir aussi Nature du 25.5.
– 903. SCIENCE ET PHILOSOPHIE. Les philosophes et les gens des sciences « humaines ». Recension. The big picture. Sean Carroll. Dutton 2016. Il y a une réalité, mais beaucoup de façons de la dire. Des gens comme Feynman, Weinberg et Hawking rejettent la philosophie comme en retard ou irelevante. Au vu de mes rencontres ∏ (entre autres) Carroll et son « naturalisme poétique » me semblent plus intéressants. Pour ce qui concerne le naturalisme il pose que l’observation et la méthode scientifique sont les seuls outils pour connaitre le monde et que les grandes théories actuelles sont des bases solides pour y penser (on est d’accord!). Quant à la partie « poétique », Caroll suit l’idée qu’il y a beaucoup de descriptions possible de la nature. C’est le contexte qui leur donne sens. Ce qui est et la façon de le dire sont deux aspects complémentaires de la connaissance. OK!
– 904 – 947. URBANISME. Dossier. Lucy. La planète urbaine; une dizaine d’articles. L’analyse des situations est bonne; sans surprise, les solutions sont techniques et financières. Le bonheur des jardins urbains n’est pas cultivé très loin (638 – 40).
- 05. 2016. NATURE 533, 7604.
– 459 – 61. DIABÈTE, OBÉSITÉ. Gastric bypass. Cet article dit le plus grand bien du gastric bypass et soutien que la méthode est la bonne thérapie contre le diabète de type 2 et contre l’obésité.
– 539 – 42. GÉNÉTIQUE, ÉVOLUTION, ÉDUCATION. Association tout génome de plus de 300k européens (dont 111k de la UK biobank) identifie 74 sites associés avec le niveau d’éducation. Ce travail précise l’estimation précédente d’héritabilité d’environ 20%. Les gènes candidats son préférentiellement exprimée dans le tissu neural pendant la période prénatale.
Voir aussi Science du 20.05,
D’habitude, on parle d’évolution sur de longues périodes. Les données actuelles permettent de suivre les variations beaucoup plus rapides. Ainsi, durant les derniers siècles les Anglais sont devenus plus pâles et plus blonds. Est-ce une affaire de synthèse de la vitamine B ou est-ce l’effet de sélection sexuelle sur une préférence culturelle? À bien plus court terme, on note qu’un gène associé à la propension à fumer corrèle, chez les mâles européens, avec une plus courte espérance de vie (le fait n’est pas une surprise, mais ce qui est remarquable, c’est qu’on puisse le mesurer par l’évolution du génome.)
Le résultat fait des vagues. Certains demandent l’interdiction de ce genre de recherche. Dans l’autre sens, S. Hsu prédit que « plus de connaissances dans ce domaine permettront aux parents de mieux choisir l’embryon préparé par fertilisation in vitro ». En Suisse, on a voté sur ce sujet le 5 juin.
27.05.2016. Science 352, 6289.
– 1039 – 40. ACCIDENT, NUCLÉAIRE. Ce fut très chaud à Fukushima. Un rapport US sur l’accident montre que le pire a été évité de justesse. Au moment de l’accident, le réacteur 4 contenant 548 barres de combustible était arrêté pour raison de service. Dans une piscine adjacente se trouvaient 783 barres utilisées, en attente de refroidissement pour quelques années. Dans la piscine, le containement est évidemment bien moindre que dans l’enceinte haute pression du réacteur. Une explosion y a eu lieu 15 jours après l’accident initial et ilavait été diagnostiqué qu’elle avait été causée par de l’hydrogène venant de la fusion de barres lorsque le niveau d’eau n’y a plus été suffisant. Le présent rapport montre que ce n’est pas ainsi que les choses se sont passées. L’explosion fut causée par de l’hydrogène provenant de la fusion du coeur du réacteur 3 voisin. Les barres dans la piscine sont toujours restées sous l’eau à cause d’un coup de chance. Le coeur du réacteur 4 avait été précédemment noyé dans le cadre de l’opération d’entretien. Une vanne, entre le réacteur et la piscine adjacente, abimée par le tremblement de terre avait laissé couler de l’eau du réacteur vers la piscine, évitant ainsi que les barres qu’elle contenait prennent feu. La conséquence aurait été bien pire que tout ce qui s’est passé. On parle d’un nuage radioactif qui aurait atteint Tokyo. On dit aussi que le même danger potentiel des barres en piscine se retrouve un peu par tout aux USA. Science est un journal US, il ne dit rien de l’Europe.
1059 – 61. MÉDECINE, FINANCE. Qui payera les couts du succès futur des thérapies géniques. Les thérapies géniques actuellement en développement couteront cher (voir tableau). « Des méthodes innovantes doivent être trouvées pour payer celles qui seront mises sur le marché ». Il me semble que la question devrait être: comment développer une médecine qui soigne mieux à moindre cout.
– 1113 – 16. GÉNÉTIQUE. Cynthia. Associer un trait phénotypique à une région du génome est relativement facile si on ne cherche pas à être précis. S’il faut identifier un gène spécifique ou, mieux encore, un point d’un gène, l’affaire était jusqu’ici extrêmement difficile (parce que la recombinaison entre parents n’a lieu qu’une fois par chromosome et par génération). Dans le présent article, une méthode est développée et appliquée (pour identifier la base génétique d’une sensibilité au Mn dans la levure). Elle consiste à utiliser la technologie CRISPR pour imposer l’emplacement de la recombinaison; un coup à gauche, un coup à droite et ainsi de suite jusqu’au centre de la cible. Alternativement, les auteurs exécutent une série d’expériences afin de hacher systématiquement la région d’intérêt. Avec CRISPR, c’est possible.
Edgar, 4 ans, ne cesse de touiller tout ce qui est mécanique. C’est quasiment une obsession, en tous cas une propriété de l’individu. Où sont les déterminants génétiques? La réponse reste difficile parce que, de l’homme à la levure, il y a quelques nuances.
1.06.2016. Scientific American 314.6
– 37 – 51. AI, INTELLIGENCE ARTIFICIELLE. Dossier de 3 articles: les machines qui apprennent, les voitures sans chauffeur, les robots. Dès les années 60, on a commencé à rêver intelligence artificielle et, durant deux décades suivantes, on s’y croyait à la porte. Et puis, à force de ne pas y arriver avec des algorithmes bien structurées (reconnaissance vocale, d’images, etc.), on a commencé à ne plus y croire. Mais voilà, la montée en puissance des ordis permet une autre approche: laisser la machine apprendre de masses d’exemples. Cela s’appelle deep learning. Selon ces articles nous sommes de nouveau, mais cette fois pour de bon dit-on, devant la porte ouverte de l’AI et l’industrie ne s’y trompe pas. Par exemple, Uber a racheté du jour au lendemain l’essentiel des chercheurs (40) du fameux laboratoire de robotique de l’université Carnegie-Mellon à Pittsburgh. Pour la réalisation